Die Regelklassen führen nach dem Bestehen der 9. Klasse zum erfolgreichen Mittelschulabschluss, er ist Grundlage für die Berufsausbildung.
Der Mittlere-Reife-Zug (M-Zug) ist ein Bildungsangebot für leistungsstärkere und motivierte Schüler. Grundlage ist ein eigener Lehrplan mit erhöhten Anforderungen.
Seit dem Schuljahr 2023/24 ist die Mittelschule Bad Königshofen Teilnehmer im Pilotprojekt „Digitale Schule der Zukunft“. Die Klassen 7M und 8M können somit als Tabletklassen unterrichtet werden.